Per prima cosa fu necessario ristabilire una guida politica. Il nuovo corpo governativo fu basato sull'antico e decaduto sistema della Prima Repubblica, esistente secoli prima dell'Occupazione, ed è conosciuto come Governo Provvisorio. Esso è formato da diverse fazioni in contrasto tra loro. Il capo del Governo è il Primo Ministro (vedi File Grafico).
Ogni Bajoriano residente sul pianeta può candidarsi a ricoprire questa carica. Il Primo Ministro viene eletto democraticamente dal popolo (il voto si può esprimere dal diciassettesimo anno di età) e resta in carica per un periodo di 6 anni. Egli governa sulla Camera dei Ministri (conosciuta anche come Concilio dei Ministri, Commissione Ministeriale o Assemblea Bajoriana), che è il corpo legislativo reggente del Governo Provvisorio su Bajor ed ha potere di veto su ogni azione governativa. Anche la Camera dei Ministri è divisa in fazioni, ognuna delle quali cerca di predominare sulle altre.
Ogni Ministro ha giurisdizione sulla propria circoscrizione; come supporto esiste un'infrastruttura di Ministri "superiori" aventi ruoli specifici, che supervisionano le maggiori funzioni del Governo, e più precisamente: Stato - diplomazia e affari esteri;
Interno - ricostruzione e affari interni;
Commercio - commercio e trasporto civile;
Agricoltura - coltivazioni, restauro delle fattorie e bonifiche;
Difesa - ordini militari e programmi di scambio.
Anche il Kai, il leader spirituale di Bajor, ha un posto nella Camera, ma solamente come Consigliere.
Comunque, visto il rispetto che gli è dovuto, molte questioni a lui care o da lui patrocinate tendono a diventare legge. Esiste inoltre una Corte dei Ministri, formata dai cinque ufficiali più anziani, che ha funzioni giuridiche. Ad essa si deve la Legge di Ricerca e Cattura, secondo la quale è proibita chiaramente l'ingiustificata ricerca e cattura di qualsiasi nave all'interno dello spazio Bajoriano. Chi vuole avvicinarsi all'Emissario per rivolgergli richieste particolari, come ad esempio l'utilizzo di un Runabout, deve prima passare attraverso questa Corte. Il procedimento potrebbe durare mesi.
Grazie al Governo Provvisorio furono raggiunti scopi politici molto importanti, come l'Armistizio tra Bajor e Cardassia, firmato nel 2369, in base al quale i Cardassiani rinunciavano a qualsiasi proprietà da loro conquistata sul territorio Bajoriano. Dopo la Ritirata Cardassiana, il Governo deliberò il Proclama di Ilvian, in base al quale si ordinava che tutti i Bajoriani collaborazionisti venissero esiliati a vita da Bajor. La lista dei nomi comprendeva anche tutti i membri del Governo-marionetta Bajoriano in carica durante l'Occupazione, tra i quali
Kubus Oak, allora Segretario, che fece da legame tra il Governo Bajoriano stesso e i Cardassiani e rimase implicato nella morte di molti Bajoriani. Alla fine dell'Occupazione Kubus fu esiliato su Cardassia ma nel 2370 egli ritornò su DS9 chiedendo che gli venisse permesso di fare ritorno su Bajor. Venne inizialmente imprigionato ma in seguito Vedek Winn, per poter sfruttare a suo favore alcune notizie di cui Kubus era a conoscenza riguardo al massacro della Valle di Kendra e diventare così Kai, decise di prenderlo sotto la sua protezione. Nel 2370 la Camera dei Ministri richiese l'assistenza della Federazione, ma questa azione provocò all'interno del Governo la divisione in fazioni, formate da quei gruppi che non volevano accettare l'aiuto offerto dalla Federazione nell'opera di ricostruzione di Bajor. A causa di questo frazionamento il Concilio dei Ministri rifiutò di sanzionare la liberazione dell'eroe di guerra Li Nalas dal pianeta Cardassia IV. Quando Kira Nerys decise di proseguire, nonostante tutto, nell'operazione di liberazione di Li Nalas, essi risposero rimuovendola dalla sua posizione di Ufficiale di Collegamento su DS9. Nello stesso anno la Camera dei Ministri, in accordo con l'Assemblea dei Vedek, negò ai rifugiati Skrreea di costruire una colonia sul pianeta Bajor. Nel 2371 venne firmato da Kai Winn e dal Delegato Turrel il Trattato tra Bajor e Cardassia, noto anche come Trattato Bareil in onore al suo sacrificio, in cui si stabiliva definitivamente la pace tra i due pianeti, includendo lo scambio di Ambasciatori, le scuse formali al popolo di Bajor, la restituzione dei Cristalli e il pagamento delle riparazioni dei danni provocati durante l'occupazione e la ritirata. Il Governo deliberò anche la Suprema Direttiva 26/45, che sancì la ritirata dell'Esercito e del Governatore Cardassiano su Bajor, e il rilascio di tutti i prigionieri di guerra. Quando nel 2372 la Federazione votò per ammettere Bajor, la Camera, su consiglio dell'Emissario, decise temporaneamente di non accettare.Religione
La fede nei Profeti e i proverbi scandiscono la vita quotidiana del popolo Bajoriano.
Kai è il titolo dato al principale leader spirituale di Bajor. 
Talvolta ci si riferisce a lui come "Eminenza" o "Vostra Eminenza". Egli viene eletto direttamente dal popolo di Bajor e scelto tra i membri facenti parte dell'Assemblea dei Vedek, a capo della quale egli successivamente siede. C'è solo un Kai su tutta Bajor. Egli (o ella) celebra funzioni giornaliere simili a quelle dei Vedek. Il Kai indossa una veste dorata, che lo distingue da tutti gli altri religiosi.
L'Assemblea dei Vedek è composta da 113 Vedek facenti parte di Ordini provenienti da tutto Bajor. Il Sigillo dell'Assemblea dei Vedek rappresenta il Tempio Celeste, e viene utilizzato come firma sui documenti ufficiali. A volte i Vedek utilizzano lo stesso disegno per ornare i loro mantelli. Gli Ordini religiosi si occupano di
celebrare i riti delle feste, i matrimoni e tutte le altre cerimonie legate alla religione. Un Ordine può anche essere chiamato "parrocchia", anche se non sempre esso ricopre un'area ben definita. Esso sarà allora costituito da coloro che seguono idee e dogmi di uno o più particolari Vedek. Molti Ordini vengono considerati Ortodossi, perchè i loro punti di vista sono tradizionali e conservatori; inoltre ci sono alcuni piccoli Ordini estremisti che hanno dogmi radicali. Questi ultimi, basati sul credo "Bajor ai Bajoriani", predicano cose come la superiorità dei Bajoriani su tutte le altre forme di vita, morte ai Cardassiani e altri argomenti simili, e si prefiggono lo scopo di cacciare tutti i non-Bajoriani dal pianeta. Per fortuna questi ordini sono piccoli, ma devono essere ugualmente presi in considerazione, dato che possono trovare supporto alle loro idee anche in alcune persone che non aderiscono pubblicamente all'Ordine. Un esempio può essere il colpo di Stato tentato nel 2370 da un gruppo estremista chiamato "Alleanza per l'Unità Globale" (o il Cerchio), che aveva l'appoggio del Ministro Jaro Essa. Un Ordine degno di nota è il Janlin, gruppo religioso i cui Vedek intonano un canto della durata di ventiquattro ore a vantaggio del popolo Bajoriano.
La fede è aperta a tutti i Bajoriani, senza distinzione di sesso, e oggi anche agli alieni.
Un'altra particolarità è che il clero non è tenuto a praticare il celibato, anche se deve sempre e comunque comportarsi con dignità.
L'iter per diventare Vedek passa attraverso anni di studio e di lavoro. Si inizia da Accolito, cioè come apprendista che impara la disciplina della fede. I Novizi devono studiare tutte le feste e i costumi Bajoriani. L'insegnamento si svolge su Bajor, al Monastero, sotto la supervisione di Monaci e Vedek. I Novizi indossano vesti che assomigliano a quelle dei Vedek in tutto tranne nel colore, che è bianco. Successivamente si diventa
Monaco, cioè assistente di Prylar o di Vedek, con compiti come la raccolta di fondi per fornire cibo e coperte agli orfani di guerra. I Monaci rivestono un ruolo importante per l'aiuto che danno durante i servizi religiosi. Essi stanno ancora imparando la fede, e non sono quindi ammessi a celebrare le cerimonie, ma possono aiutare ad insegnare le basi della fede agli Accoliti. Molti prestano servizio come guaritori. Il successivo gradino è il Ranjen, monaco di alto rango. Gli abiti dei Monaci sono solitamente di colore grigio chiaro o marrone scuro, con copricapo in svariati stili. In seguito si diviene Prylar, cioè capo di un tempio o di un santuario. I Prylar devono seguire gli insegnamenti degli ordini classici e quelli del proprio Vedek. Essi hanno completato tutto l'insegnamento, ma devono restare per un periodo all'interno dell'Ordine in cui stanno servendo prima di poterne eventualmente fondare uno proprio. E' permesso loro di presiedere alle feste religiose, ma non hanno voce in capitolo nell'Assemblea dei Vedek, sebbene talvolta, se si libera un posto nell'Assemblea (di solito per la morte di un Vedek) il Prylar potrebbe anche essere eletto a sedere nell'Assemblea stessa come Vedek "completo". 
Così come i Monaci, anche molti Prylar continuano a servire come guaritori. Il gradino successivo è Vedek.
Essi possono essere facilmente identificati grazie alla loro veste arancione e ai loro orecchini, che sono più grandi e intricati rispetto a quelli della popolazione generale. In molti portano anche un copricapo a strati. I Vedek vengono scelti al di là della fede. Essi possono scegliere se continuare a far parte dell'Ordine nel quale hanno iniziato o fondarne uno nuovo. I Vedek hanno la facoltà di interpretare le profezie così come i proverbi. Presiedono le feste religiose e insegnano ai guaritori e agli Accoliti. Non tutti fanno parte dell'Assemblea dei Vedek, dal momento che i posti sono limitati, ed è necessario essere selezionati per poter giungere a ricoprire questa carica.
Esercito
Organizzato dopo la ritirata delle Forze di Occupazione Cardassiane nel 2369, l'Esercito Bajoriano è direttamente responsabile di numerose operazioni planetarie, incluse, tra le altre, Difesa, Trasporti, Sicurezza interna, Ingegneria e Supporto medico, ed è guidato dal Capo dello Staff, che risponde direttamente alla Camera dei Ministri. Molti ufficiali dell'Esercito erano noti membri della Resistenza, come il Maggiore Kira Nerys o il Colonnello Lenaris Holm; altri ufficiali erano arruolati da entrambe le parti, o avevano frequentato l'Accademia Militare Bajoriana. Anche se piccolo, l'Esercito Bajoriano è molto bene equipaggiato (in parte
grazie all'assistenza della Federazione) e può contare, oltre che sulle forze aeree
regolari dell'Esercito, anche su un certo numero di vecchi veicoli tipo Runabout. Fa inoltre parte dell'Esercito la sezione delle Forze Speciali Bajoriane. Questa sezione fu concepita esclusivamente per la difesa del pianeta dalle forze esterne. Intraprendente e piena di risorse, ha più volte dimostrato la sua capacità di rapide risposte nello spiegamento delle truppe in situazioni critiche. Le Forze Speciali furono utilizzate durante alcune operazioni di copertura. Sebbene non sembri così sviluppata come quelle di altri mondi, la sezione delle Forze Speciali Bajoriane è effettivamente alla pari con la famosa Tal Shiar Romulana. Alle Forze Speciali si affiancano anche la Polizia Civile Bajoriana, responsabile dell'ordine e
della sicurezza civile all'interno dei territori Bajoriani e la Bajor Intelligence, il corpo che controlla le situazioni strategiche galattiche e come queste possano influenzare Bajor.
L'Esercito Bajoriano, del quale fa parte il Maggiore Kira, fu ricostruito negli anni seguenti la ritirata Cardassiana, e così risultò necessario disporre di nuove uniformi. L'uniforme militare, fatta di lana Incariana, consiste in una tuta a due pezzi, con una protezione doppia sulle spalle, che copre una veste a maniche corte, pantaloni con le staffe, cintura, stivali, comunicatore e gradi (vedere illustrazione).
Il comunicatore si porta a destra sul petto, ed è la rappresentazione tradizionale di un Cristallo.
Durante le cerimonie più importanti gli alti ufficiali portano spade ornamentali e le bandiere vengono decorate con un simbolo circolare, che si può portare anche sulle vesti, formato da quaranta disegni in rotazione della S.S. Botany Bay.