Ufficiale della Federazione Unita dei Pianeti nato nel 2332 a New Orleans, Terra, il Comandante Benjamin Sisko fu riconosciuto da Kai Opaka e accettato dal popolo Bajoriano come l'Emissario profetizzato, figura importantissima per lo sviluppo politico e sociale di Bajor. Attualmente al comando della stazione spaziale DS9, Sisko intervenne spesso in favore di Bajor e compì il suo destino scoprendo, nel 2369, il Tempio Celeste dei Profeti ed entrando per la prima volta in contatto con loro; nello stesso anno Sisko accompagnò Kai Opaka in un viaggio nel Quadrante Gamma, e fu presente alla sua morte; subito dopo riuscì a salvare Vedek Bareil da un attentato a bordo di DS9. Nel 2370 ebbe a che fare con una leggenda vivente Bajoriana, Li Nalas, che durante il tentato colpo di Stato attuato dal Cerchio morì salvandogli la vita. Sisko contribuì inoltre al fallimento del citato colpo di Stato.
Esistono molte Profezie che riguardano l'Emissario, tra le quali alcune già realizzate, come per esempio la Terza Profezia di Tràkor. Nel 2371 Sisko dovette decidere il da farsi quando l'antica profezia che prevedeva la distruzione del Wormhole sembrava sul punto di avverarsi, e come predetto riuscì a salvare il Tempio Celeste.
Nello stesso anno contribuì anche alla dimostrazione che i Bajoriani compirono un viaggio interstellare prima dei Cardassiani, cosa finora negata da questio ultimi, grazie alla costruzione di un vascello a vele solari, con il quale raggiunse lo spazio Cardassiano.
Nel 2372 fu promosso Capitano. Nello stesso anno fu brevemente rimpiazzato da un nuovo Emissario, Akorem Laan, ma quando quest'ultimo venne contestato Sisko riassunse il titolo, convalidatogli dagli stessi Profeti che gli dissero anche che "Egli è il Sisko. Il Sisko appartiene a Bajor".
Dopo il ritrovamento dell'antica icona di B'Hala, nel 2373, Sisko diede forse la massima prova di essere davvero l'Emissario dei Profeti. Dopo aver passato ore e ore a decifrare il bantaca, Sisko localizzò l'antica città, della quale si erano perse le tracce 20.000 anni prima, confermando la profezia che diceva che solo l'Emissario poteva ritrovare B'Hala. In seguito egli iniziò ad avere delle visioni, durante le quali provava emozioni che non aveva mai conosciuto prima, e sentendo che passato, presente e futuro erano una cosa sola. Ciò che vide, però, non gli piacque. Durante il Pagh'tem'far vide l'incombente guerra con il Dominio; vide uno sciame di locuste dirigersi prima verso Bajor e poi su Cardassia; infine fu messo in guardia dalle conseguenze dell'immediato ingresso di Bajor nella Federazione. Sisko si vide così costretto ad interrompere la cerimonia ufficiale di annessione alla Federazione, spiegando che in caso contrario Bajor sarebbe stata distrutta, poichè il tempo non era ancora giunto. Fortunatamente, in seguito a questo Bajor rimandò a tempo indefinito il proprio ingresso nella Federazione. In caso contrario in un futuro molto vicino non avrebbe potuto firmare il patto di non aggressione con il Dominio, che salverà il pianeta dalla distruzione. La salute di Sisko peggiorò, ma curarsi significava perdere le sue nuove capacità. Il dottor Bashir, con il permesso di Jake, lo operò ugualmente, salvandogli la vita ma privandolo delle visioni. Nello stesso anno, in seguito alla minaccia del Dominio, la Federazione fu costretta ad abbandonare la stazione.
Sisko a questo punto ha definitivamente accettato il suo ruolo di Emissario, tanto che parlando con l'Ammiraglio Ross dice che "quando tornerà a casa, sarà su Bajor".
L'ultima conferma del suo ruolo gli venne data ancora una volta dagli stessi Profeti: nel 2374, dopo aver condotto la Defiant all'interno del wormhole per portare a termine una missione suicida contro i Jem'hadar,
Sisko venne prelevato dal ponte della nave e salvato dai Profeti, che gli dissero che "lui non poteva morire, lui è l'Emissario".
Quando Sisko chiese loro aiuto per salvare Bajor, i Profeti accettarono e impedirono alla flotta Jem'hadar di attraversare il wormhole, ma dissero anche al Capitano che per questo c'era un prezzo da pagare: benchè l'Emissario appartenga a Bajor, egli non potrà mai trovare pace qui.
La sparizione della flotta Jem'Hadar costrinse il Dominio ad abbandonare DS9 e Sisko ne riprese possesso. Poco tempo dopo, mentre studiava un'antica tavola Bajoriana, guidato da una visione e da un impulso improvviso la ruppe, liberando un Profeta e uno spirito Pah-Wraith, che iniziarono a lottare. Un'altra Profezia si era avverata.
A seguito della morte di Jadzia Dax, uccisa da uno spirito Pah-Wraith impossessatosi del corpo di Gul Dukat, e della chiusura del Wormhole, causata dalla distruzione di uno dei Sacri Cristalli, Sisko decise di allontanarsi da DS9 e tornò sulla Terra, a New Orleans, per decidere se fare ritorno su DS9.
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Dopo tre mesi, nell'anno 2375, Sisko ebbe una visione dai Profeti: il volto di una donna nelle sabbie di Tyree.
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Egli scoprì che quella donna era la sua vera madre, Sarah, e che gli aveva lasciato un medaglione con un messaggio, scritto in Bajoriano antico: "Cristallo dell'Emissario".
Sisko, scampato a un tentativo di assassinio da parte di un membro della setta adoratrice dei Pah-Wraiths, partì per Tyree, dove trovò sotto la sabbia il decimo Cristallo. Aprendolo, ebbe una visione di sè stesso, ma era una falsa visione mandata dai Pah-Wraiths. Il Profeta che si liberò gli disse che ora il suo destino di Emissario era compiuto, e che nel momento del suo concepimento esso aveva posseduto spiritualmente sua madre Sarah per assicurare la sua nascita. Il Profeta si diresse poi al Tempio Celeste, che si riaprì. Sisko fece ritorno su DS9.
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Nello stesso anno l'Emissario acquistò un terreno su Bajor, dove costruire la propria casa, e chiese a Kasidy Yates di sposarlo. Poco tempo dopo Sisko ebbe una visione dei Profeti, che lo avvertivano che la sua prova più grande stava per avere inizio, e che lui e Kasidy non avrebbero potuto percorrere lo stesso cammino.
Inizialmente Sisko, dopo aver riferito a Kasidy la Profezia sul loro matrimonio, decise di annullarlo, ma in seguito decise di ignorare la predizione e i due si sposarono.
Quando i Breen attaccarono il sistema di Chin'toka, nello spazio Cardassiano, Sisko raggiunse la zona al comando della Defiant, che fu però distrutta in battaglia. La Federazione gli assegnò allora la Defiant-A, che Sisko guidò nel vittorioso scontro tra le flotte Federale/Klingon/Romulana e Dominio/Breen/Cardassiana. Il Dominio fu sconfitto, ma una prova ancora più grande attendeva Sisko.
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I Profeti lo contattarono, dicendogli di prepararsi per il suo ultimo compito.
Sisko si recò alle Caverne di Fuoco dove affrontò Dukat, che era divenuto un Pah-Wraith. Essi lottarono e precipitarono in un abisso di fuoco, assieme al Testo Proibito di Kosst'Amojan. Sisko fu circondato da una luce bianca familiare. Sua madre Sarah gli apparve dicendogli che "il Sisko" aveva vinto. Ora egli era uno di loro, un Profeta. La sua esistenza corporale era terminata.
Sisko apparve allora in una visione a sua moglie Kasidy, dicendole che sarebbe tornato.
Kasidy portava in grembo suo figlio.