A Time to Stand
I Bajoriani rimasero a bordo di DS9 dopo l'abbandono della Federazione, porgendo loro malgrado il benvenuto in nome del Governo Bajoriano all'alleanza Dominio/Cardassiana.

Rocks and Shoals
Pur essendo sotto il comando di Gul Dukat, Kira organizzò una piccola cellula di Resistenza per sabotare i Cardassiani, in attesa del ritorno della Federazione.

Sacrifice of Angels
Nel 2374, dopo aver condotto la Defiant all'interno del tunnel spaziale per portare a termine una missione suicida contro i Jem'hadar, Sisko fu prelevato dal ponte della nave e salvato dai Profeti, che gli dissero che "lui non può morire, lui è l'Emissario". Quando Sisko chiese loro aiuto per salvare Bajor, i Profeti accettarono e impedirono alla flotta Jem'hadar di attraversare il tunnel spaziale, ma dissero anche al Capitano che per questo c'era un prezzo da pagare: benchè l'Emissario appartenga a Bajor, egli non potrà mai trovare pace qui. La sparizione della flotta Jem'Hadar costrinse il Dominio ad abbandonare DS9 e Sisko ne riprese possesso.

The Reckoning
Un Profeta, impossessatosi del corspo di Kira, sceglie la stazione come luogo per il suo scontro finale con un Pah-Wraith, entrato nel corpo di Jake Sisko. Benjamin Sisko rischia la vita del figlio per rispettare il suo ruolo di Emissario. Kai Winn si intromette nello scontro allontanando gli esseri ed evitando che il male venga sconfitto.

Tears of the Prophets
Uno spirito Pah-Wraith prese possesso del corpo di Dukat, si recò su DS9, dove si trovava il Cristallo della Contemplazione, e lo distrusse. Tutti i Sacri Cristalli si oscurarono, il Pah-Wraith si rifugiò nel Tempio Celeste e lo chiuse. Sisko, credendo di aver fallito nel suo ruolo di Emissario, tornò sulla Terra.