The Assignment
Durante una visita alle Caverne di Fuoco su Bajor, un’entità prese possesso del corpo di Keiko O’Brien. Si trattava di uno spirito Pah-Wraith, il cui scopo era quello di distruggere i Profeti, grazie ad un raggio di particelle chroniton originato da DS9, per poter prendere possesso del Tempio Celeste. Fortunatamente l’attentato fallì e i Profeti rimasero illesi.

Rapture
Bajor è di nuovo sul punto di entrare a far parte della Federazione. Nello stesso periodo Sisko, studiando un obelisco Bajoriano, ritrova B’Hala, l’antica città perduta, e inizia ad avere delle visioni. Durante il pagh’tem’far vide l'incombente guerra con il Dominio; vide uno sciame di locuste dirigersi prima verso Bajor e poi su Cardassia; infine fu messo in guardia dalle conseguenze dell'immediato ingresso di Bajor nella Federazione. Sisko si vide così costretto ad interrompere la cerimonia ufficiale di annessione alla Federazione, spiegando che in caso contrario Bajor sarebbe stato distrutto, poichè il tempo non era ancora giunto. In seguito a questo Bajor rimandò a tempo indefinito il proprio ingresso nella Federazione.

In the Cards
La minaccia del Dominio diviene sempre più forte. Nel 2373 Kai Winn si recò a bordo di DS9 per ricevere l'Ambasciatore del Dominio Weyoun e negoziare così i termini del patto di non-aggressione con Bajor.

Call to Arms
Dopo l’alleanza del Dominio con Cardassia, la Flotta Stellare autorizzò Sisko a minare l’entrata del tunnel spaziale. La guerra era ora imminente e il patto di non-aggressione tra il Dominio e Bajor fu firmato, per assicurare la sopravvivenza del pianeta. Il Dominio attaccò e la Flotta Stellare abbandonò DS9.