The Homecoming - The Circle - The Siege
Nel 2370 Kira scoprì che il leggendario eroe Bajoriano Li Nalas era tenuto prigioniero in un campo di lavoro Cardassiano. Insieme ad O’Brien riuscì a liberare lui e diversi altri prigionieri Bajoriani. Il Ministro Jaro Essa, in nome del Governo Provvisorio, assegnò a Li Nalas il titolo di Navarca e lo inviò a rimpiazzare Kira come Ufficiale di Collegamento a bordo di DS9. Nello stesso periodo l'Alleanza per l'Unità Globale (o Cerchio), una fazione di Bajoriani estremisti-isolazionisti ben organizzata e altrettanto bene armata, con l'appoggio di altri Ordini radicali e, segretamente, del Ministro conservatore Jaro Essa (che aveva a sua volta l'appoggio di Vedek Winn), cercò di prendere il controllo del Governo Provvisorio allora in carica mediante un colpo di Stato e l'occupazione contemporanea di DS9, con una spedizione guidata dal Generale Krim e dal Colonnello Day. Il tentativo fallì quando Kira e Dax riferirono alla Camera dei Ministri che il Cerchio era segretamente rifornito di armi dai Cardassiani, che avrebbero in seguito tratto vantaggio dalla rottura dei rapporti tra Bajor e la Federazione. Il Cerchio non era però al corrente che dietro al rifornimento di armi c'erano i Cardassiani, dato che le armi arrivavano tramite degli intermediari, i Kressari. Neppure il leader del Cerchio, il Ministro Jaro Essa, era al corrente di questo fatto. Quando il Generale Krim fu informato da Sisko del coinvolgimento dei Cardassiani nel colpo di Stato, decise di restituire il controllo della Stazione alla Flotta Stellare. Il Colonnello Day, ribellandosi alla decisione del Generale, tentò di uccidere il Comandante Sisko, ma Li Nalas gli fece da scudo con il proprio corpo, perdendo così la vita.

The Collaborator
Mentre l’elezione del nuovo Kai si avvicinava, un Bajoriano collaborazionista, Kubus Oak, ritornò dall’esilio e Vedek Winn lo prese sotto la sua protezione. Questo perchè Kubus era in possesso di alcune informazioni che riguardavano il massacro della Valle di Kendra, dove 43 Bajoriani persero la vita. Si credeva che il responsabile fosse Prylar Bek, ma Kubus affermò che l’ordine veniva da Vedek Bareil. Bareil si ritirò dalle elezioni. Kira scoprì però che Bareil era innocente e che stava proteggendo la memoria di Kai Opaka, la vera "responsabile", che sacrificò 43 persone, tra le quali suo figlio, per salvarne altre 1200. Vedek Winn diventò la nuova Kai.